Struktura organizacyjna Agencji Rozwoju Przemysłu S.A.  służy efektywnej realizacji zadań przez nią wykonywanych.


W centrali ARP S.A., zlokalizowanej w Warszawie, w ramach poszczególnych departamentów, pracują specjaliści i eksperci z dziedzin związanych z funkcjonowaniem gospodarki i przedsiębiorstw, w tym m.in. z zakresu finansów, zarządzania, restrukturyzacji i strategii. W centrali skupiona jest działalność służąca wykonywaniu większości celów statutowych Agencji.

W Warszawie działa także oddział utworzony do realizacji działań ARP S.A. związanych z udzielaniem pomocy publicznej na ratowanie i restrukturyzację.

Do wykonywania wybranych zadań o charakterze lokalnym Agencja powołała do życia w kilku miastach Polski oddziały regionalne - w Mielcu, Tarnobrzegu, Wrocławiu, Szczecinie, Katowicach, Baranowie Sandomierskim i Krasiczynie.

W Mielcu działa ddział ARP S.A. zarządzający Specjalną Strefą Ekonomiczną EURO-PARK Mielec. Podstrefą mieleckiej strefy w Szczecinie zarządza Oddział ARP S.A. w Szczecinie. 

Oddział ARP S.A. w Tarnobrzegu zarządza Tarnobrzeską Specjalną Strefą Ekonomiczną EURO-PARK WISŁOSAN. Podstrefą Wrocław-Kobierzyce TSSE zarządza Oddział ARP S.A. we Wrocławiu.

Oddział w Katowicach został powołany do zadań związanych z procesem restrukturyzacji górnictwa węgla kamiennego w ramach umów zawartych z Ministrem Gospodarki.

Oddziały w Baranowie Sandomierskim i w Krasiczynie zarządzają obiektami zabytkowymi (zespołami zamkowo-parkowymi) o charakterze hotelarsko-turystycznym.